Um den Bodensee wirksam schützen zu können, müssen zuerst die wesentlichen Zusammenhänge im komplizierten Wirkungsnetz von chemischen, physikalischen und biologischen Vorgängen bekannt sein. Im See werden die verschiedenen Lebensräume (Wasser, Seeboden, Ufer) getrennt untersucht. Der freie Wasserkörper stellt dabei das am schnellsten veränderliche Biotop dar.

Im Wesentlichen erfolgt die Überwachung durch das Institut für Seenforschung (ISF) (externer Link) in Langenargen, ferner durch den Kanton Thurgau (externer Link), die Eidgenössische Anstalt für Wasserversorgung, Abwasserversorgung und Gewässerschutz (EAWAG) (externer Link) in Dübendorf/Schweiz und das Umweltinstitut des Landes Vorarlberg (externer Link), des weiteren durch die Internationalen Kommission zum Schutz des Rheins  (externer Link) bei Öhningen sowie die Bodenseewasserversorgung (BWV) (externer Link) in Sipplingen.

Durch Messstellen im Bodensee-Obersee an der tiefsten Stelle auf der Linie Fischbach-Uttwil. Weitere Stellen östlich und westlich davon sowie im Untersee.

Durch regelmäßige Messprogramme: physikalisch-chemische Kenngrößen wie Temperatur, Sauerstoff, Phosphorgehalt etc.. Ferner pflanzliches und tierisches Plankton (Phyto- und Zooplankton).

Durch spezielle Untersuchungen: in regelmäßigen Abständen wird beispielsweise der Seeboden untersucht, ferner bei Bedarf im Rahmen von Sonderprogrammen Untersuchungen über das Ökosystem im Uferbereich (Litoral) die teilweise auch von Universitäten durchgeführt werden.

Die Ergebnisse der Untersuchungen und Berechnungen der IGKB sind in der Reihe der "Blauen Berichte" festgehalten. Seit 1976 erscheinen die Jahresberichte "Limnologischer Zustand des Bodensees" in der Reihe "Grüne Berichte" in welchen die Ergebnisse der Messungen im See laufend publiziert werden.