Die IGKB hat keine ausführende Vollzugsgewalt. Vielmehr kann sie nur die Anliegerstaaten im Hinblick auf zu treffende Maßnahmen beraten und Empfehlungen geben. Dafür verpflichten sich die Anliegerstaaten, die vorgeschlagenen Gewässerschutzmaßnahmen nach besten Kräften durchzusetzen, wobei das jeweilige innerstaatliche Recht Handlungsgrundlage ist.